โซนที่ 12 เป็นโซนที่ได้จัดแสดงไว้เพื่อบูชาและเทิดทูนคุณของพระบูรพาจารย์ด้านอภิญญา ทรงปฏิปทาธุดงค์คุณ ผู้เคร่งครัดในธรรมวินัย ผู้เป็นต้นแบบแห่งการมักน้อยสันโดษ ประกอบด้วยความเพียรอุตสาหะมุ่งมั่นดำเนินตามรอยบาทพระศาสนา องค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า  โดยทางพิพิธภัณฑ์ฯ ได้รับความเมตตานุเคราะห์จากพระอาจารย์ประเทือง สังฆวิชิต วัดอโศการาม อ.เมือง จ.สมุทรปราการ ที่ได้รับเป็นธุระในการจัดหาพระธาตุ พร้อมทั้งได้ทำพิธีบรรจุพระธาตุไว้ในองค์รูปปั้นทั้ง 29 องค์ 

ในการคัดเลือกพระธาตุของพระบูรพาจารย์นั้น องค์ที่ 1-28 ได้ยึดถือรายนามเดียวกับพระธาตุที่ได้บรรจุไว้ในธุตังคเจดีย์แห่งวัดอโศการาม สำหรับองค์ที่ 29 คือ พระราชนิโรธรังสีคัมภีรปัญญาวิศิษฏ์ หรือหลวงปู่เทสก์ เทสรังสี ทางพิพิธภัณฑ์ฯ ได้เพิ่มเข้ามาตามคำแนะนำของหลวงปู่เปลี่ยน ปัญญาปทีโป ทั้งนี้ ภายหลังจากหลวงปู่เปลี่ยน ได้ละสังขารไปแล้ว ทางพิพิธภัณฑ์ฯ จึงได้เพิ่มองค์หลวงปู่เข้าด้วย รวมเป็น ๓๐ องค์ พร้อมทั้งได้อัญเชิญพระธาตุส่วนที่เป็นก้านสมองของหลวงปู่เปลี่ยน มาประดิษฐานไว้ในโซนนี้ด้วย

ทางพิพิธภัณฑ์จรรโลงพุทธศาสนา ขอขอบพระคุณวัดอรัญญวิเวก อ.แม่แตง จ.เชียงใหม่ ที่ได้แบ่งพระธาตุในส่วนที่เป็นก้านสมองของหลวงปู่เปลี่ยน ปัญญาปทีโป โดยได้มอบให้แก่ ดร.ไพบูลย์ ปิลันธน์โอวาท ซึ่งต่อมา ดร.ไพบูลย์ ปิลันธน์โอวาท ก็ได้มอบพระอรหันตธาตุดังกล่าวให้แก่พิพิธภัณฑ์จรรโลงพุทธศาสนา เพื่อเป็นที่รำลึกถึงพระคุณขององค์หลวงปู่ ซึ่งเป็นผู้ตั้งชื่อให้พิพิธภัณฑ์ และเพื่อประชาชนที่มาเยี่ยมชมจะได้กราบไหว้บูชา เพื่อความเป็นสิริมงคล

ในโซนที่ 12 นอกจากจะเป็นห้องที่มีพระรัตนตรัยครบองค์ 3 คือ พระพุทธ ได้แก่ พระพุทธรูปปางปฐมเทศนา พระธรรม ได้แก่ เสาอริยสัจ 4 เสาธัมมจักกัปปวัตตนสูตร และพระสงฆ์ ได้แก่ รูปปั้นพระอัครสาวกในสมัยพุทธกาล ประกอบด้วย พระสารีบุตร พระโมคคัลลานะ พระมหากัสสปะ และพระอานนท์ รวมถึงพระบูรพาจารย์ผู้ทรงปฏิปทาธุดงค์คุณของประเทศไทยดังที่ได้กล่าวมาแล้ว 

ดังนั้น โซนนี้จึงเรียกอีกอย่างหนึ่งว่า “โลกุตตรภูมิ” เพราะเป็นโซนที่มีเนื้อหาเกี่ยวกับพระอริยบุคคล คือ ท่านผู้เคร่งครัดในธรรมวินัย มุ่งมั่นเพียรพยายามประพฤติปฏิบัติสมณธรรมอย่างอุกฤษฏ์ จนได้บรรลุความเป็นพระอริยบุคคลนั่นเอง ทั้งนี้ ทางพิพิธภัณฑ์ฯ ได้จัดแสดงรูปปั้นไฟเบอร์กลาสขนาดเท่าองค์จริง พร้อมทั้งแสดงประวัติและโอวาทธรรมโดยย่อของแต่ละองค์ไว้ด้วย รวมทั้งหมด 30 องค์ ยกตัวอย่างเช่น  พระครูวิเวกพุทธกิจ (หลวงปู่เสาร์ กันตสีโล) วัดดอนธาตุ อ.พิบูลมังสาหาร จ.อุบลราชธานี ผู้นับว่าเป็นพระปรมาจารย์กรรมฐาน, พระอาจารย์มั่น ภูริทัตโต วัดป่าบ้านหนองผือ อ.พรรานิคม จ.สกลนคร ซึ่งศิษยานุศิษย์ต่างเชิดชูว่าเป็นบิดาพระกรรมฐานของเมืองไทยในยุคปัจจุบัน