อุปสมบท
เมื่ออายุ ๖๔ ปี ท่านมีความปรารถนาที่จะอุปสมบทจวบกับมีโครงการอุปสมบทถวายเป็นพระราชกุศลแด่สมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี หรือ สมเด็จย่า ท่านจึงตัดสินใจบอกลาลูก ๆ และญาติพี่น้องเพื่อหันหน้าสู่ร่มกาสาวพัสตร์ ในวันที่ ๓ เดือนมีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ ณ วัดประชานิยม ตำบลหนองหลวง อำเภอสว่างแดนดิน จังหวัดสกลนคร โดยมี หลวงปู่บุญมี ฐิตปุญฺโญ เป็นพระอุปัชฌาย์ เจ้าอธิการประครอง โชติกโร เป็นพระกรรมวาจาจารย์ พระอธิการเริงศักดิ์ จิตตสำโร เป็นพระอนุสาวนาจารย์
หลวงปู่บุญหนา สปฺปุญฺโญ เป็นพระภิกษุฝ่ายธรรมยุติกนิกาย สังกัดวัดศรีสะอาด บ้านท่าสะอาด ตำบลโคกสีอำเภอสว่างแดนดิน จังหวัดสกลนคร
ท่านได้ปฏิบัติตนตามแนวทางคำสอนพระศาสดาอย่างเคร่งครัด และยึดถือธุดงควัตรด้วยจริยวัตรปฏิปทางดงาม จนได้รับการยกย่องจากผู้ศรัทธาทั้งหลายว่าเป็นพระผู้มีความเพียรทางธุดงควัตร ท่านวางแนวทางในการปฏิบัติสมถะและวิปัสสนาตามหลักธรรมคำสอนขององค์สมเด็จพระสัมมาพุทธเจ้าให้แก่สมณะประชาชนอย่างกว้างขวาง ชีวิตสมณะ การแสวงหาธรรม และปฏิบัติธรรม เคารพพระวินัย ด้วยเดิมมีนิสัยจริงจัง จึงบวชเพื่อเอาบุญกุศลจริง ๆ และตั้งใจรักษาสิกขาบทวินัยน้อยใหญ่อย่างเคร่งครัด ในพรรษาแรกท่านได้ตั้งสัจอธิษฐานว่า ในการทำวัตรเช้า-เย็น และการบิณฑบาต จะไม่ให้มีวันใดขาดเลย และท่านก็ทำได้ตามที่ตั้งคำสัตย์ไว้ สงสัยช่วงอุปสมบทใหม่ ๆ มีความลังเลสงสัยในใจว่า หากท่านดำเนินและปฏิบัติตามพระสาวกพ่อแม่ครูอาจารย์ จะบรรลุถึงจุดที่พระสาวกท่านบรรลุหรือไม่ และบัดนี้จะยังมีมรรคผลนิพพานอยู่ เหมือนในครั้งพุทธกาลหรือไม่ เร่งความเพียร ท่านเร่งความเพียรตลอดทั้งพรรษา ไม่ทำการงานอื่นใดทั้งนั้น มีแต่ทำสมาธิภาวนา และเดินจงกรมทั้งวันทั้งคืน จนจิตได้รับความสงบจากสมาธิธรรม ท่านไม่เห็นแก่การกินการนอนมากไปกว่าผลแห่งการปฏิบัติธรรม ในช่วงบำเพ็ญเพียร ท่านเคยเล่าถึงความมุ่งมั่นในการต่อสู้กับกิเลส เพื่อจะเอาแพ้เอาชนะกันว่า ท่านได้อธิฐานจิตในระหว่างพรรษาว่าจะนั่งสมาธิและเดินจงกรมทุกวันตลอดพรรษา วันใดในระหว่างการทำความเพียรหากท่านเกิดความง่วงนอนท่านจะนำก้อนหินขนาดใหญ่วางไว้บนศีรษะของท่านเพื่อต่อสู้กับกิเลส “ถ้ากิเลสไม่ตาย เราก็ต้องตาย”
ปัญญาก้าวเดิน ด้วยความมุ่งมั่นจริงจังดังกล่าว ทำให้จิตใจของท่าน ได้หลักสมาธิแน่นหนามั่นคง ท่านทรงภาวะนี้นานถึง ๕ ปี โดยใช้อุบายต่าง ๆ พิจารณาทางด้านปัญญา ทั้งทางอสุภะ(ซากศพ) กระทั่งถึง อนิจจัง ทุกขัง อนัตตา ทั้งส่วนหยาบ ส่วนกลาง และส่วนละเอียด จนสามารถรู้ทันกิเลสตัวนั้นได้ ตัดกิเลสตัวนี้ได้โดยลำดับ ๆ ในช่วงนี้ท่านมีความเพลิดเพลินในความเพียรเพื่อละกิเลส ชนิดเดินจงกรมไม่รู้จักหยุด ตั้งแต่เช้าหลังจังหันจนกระทั่งปัดกวาดในตอนบ่าย ไม่รู้จักเหน็ดจักเหนื่อย
“.. ดูจิตให้รู้จิต ดูใจให้รู้ใจ ดูอารมณ์ให้รู้อารมณ์ อย่าหลงอารมณ์ ราคคฺคินา โทสคฺคินา โมหคฺคินา มันอยู่ที่ไหน มันอยู่ที่เราทั้งหมด มันก็อยู่ในใจเรานี้ ใจนี่เป็นนายใหญ่เป็นเจ้าของบ้าน กายนี้เป็นบ้านของเรา ดูที่นี่บ้านของเราที่ใจของเรา ไม่ต้องไปดูที่อื่น ..” โอวาทธรรมหลวงปู่บุญหนา สปฺปุญฺโญ
